Το Μήλεσι, με την πρώτη διοικητική διαίρεση του 1833 που όρισε τους δήμους της Ελλάδας, είχε ενταχθεί στον Δήμο Ωρωπού. Προσαρτήθηκε στη συνέχεια στον Δήμο Περαίας, με εξαίρεση το διάστημα 1840-41 που εντάχθηκε στον Δήμο Μαραθώνος. Στο διάστημα 1912 - 1934 πέρασε στην Κοινότητα Μαρκοπούλου και στο διάστημα 1934-2010 στην Κοινότητα Μαλακάσας.










